Por asociarse a una reducida exposición al aire libre y un mayor contacto con materiales industriales en las viviendas, así como con productos de limpieza y desinfectantes, la urbanización influye a gran escala en la composición de la microbiota. En una investigación se señala que esto también explicaría la actual transición epidemiológica de enfermedades infecciosas a enfermedades no transmisibles.

Al investigar las características químicas y microbianas de casas y habitantes de cuatro localidades de la Amazonía, seleccionadas de acuerdo con un criterio de urbanización creciente —Checherta, una aldea en medio de la selva; Puerto Almendra, un pueblo rural; Iquitos, una ciudad mediana, y Manaos, una metrópoli—, un equipo de investigadores estadounidenses comprobó las consecuencias culturales y de salud que tiene para los grupos humanos vivir en estos diferentes entornos, señala el Biocodex Microbiota Institute. 

En el estudio "Home chemical and microbial transitions across urbanization" se detalla: 

La urbanización representa un cambio importante respecto de los estilos de vida tradicionales. En la actualidad, más de 50% de la población a nivel global es urbana y, para 2050, la proporción superará el 66%. Las enfermedades metabólicas y autoinmunes han aumentado en paralelo con estos cambios de estilo de vida y la diversidad de microbiota humana ha disminuido. Entre estos cambios se encuentra dieta, desarrollo y densidad de los asentamientos, arquitectura, exposición al medioambiente y contacto con animales, parásitos y bienes de consumo.

El análisis de las sustancias químicas y microorganismos presentes en las paredes de las viviendas, los suelos, las camas y las mesas, así como el de la microbiota de sus habitantes (piel, nariz, boca e intestino) y sus mascotas, permitió a los investigadores demostrar que los perfiles microbianos eran muy variados entre los diferentes lugares.

En las ciudades, las casas se caracterizaron por la presencia de sustancias químicas derivadas de medicamentos, detergentes y geles de baño. También se encontraron en ellas más levaduras, probablemente debido a las condiciones propicias para su desarrollo (más calefacción, menos luz natural, mayor concentración de CO2) y a su menor sensibilidad a los antimicrobianos. Por último, se observaron más bacterias de origen cutáneo y menos microorganismos de origen ambiental.

Desde el Biocodex Microbiota Institute explican que en los individuos, no sólo la urbanización sino también la subida del nivel de vida se acompañan de una disminución de la diversidad de los microorganismos. Según los autores, estos resultados esclarecen las relaciones funcionales entre estilo de vida, microbiota y salud. Por lo tanto, la microbiota y las viviendas ganarían mucho si estuvieran más en contacto con los microbios del medio exterior y con materiales de origen natural.