Existe mucha controversia sobre la toxicidad de algunos pescados. Por una parte el pescado es un componente importante de la dieta, rico en ácidos grasos como el omega-3 y minerales como el selenio. Por otro lado, se ha observado un incremento en los niveles de mercurio que puede hacer a ciertos pescados tóxicos.

El problema de esto, además, es que el envenenamiento por metilmercurio (la forma más común del mercurio) puede ser acumulativo y pasar desapercibido. Afecta fundamentalmente al cerebro: la memoria, la coordinación y el aprendizaje. Las dosis altas pueden afectar también el corazón y el sistema inmune y producir trastornos genéticos.

Los peces grandes en la cima de la pirámide alimenticia son los que van acumulando más mercurio: el tiburón, el marlín, el pez vela, el pez espada, etc. Ahora bien, hay que mencionar que el efecto tóxico del mercurio se debe a que se enlaza al selenio e impide que éste sea utilizado por el cerebro. Sin embargo, cuando existe más selenio que mercurio en un alimento, este efecto se ve mitigado. Esto, aunque es controversial y no aceptado por todas las instituciones (aunque hay cierta evidencia), significaría que muchos de estos pescados considerados como posiblemente tóxicos, como el marlín, el atún albacore y el atún aleta amarilla, no lo serían. Hay que decir que pescados como el tiburón o el pez espada no tienen altos niveles de selenio, por lo cual serían tóxicos (aquí una gráfica de niveles de selenio).

La gráfica a continuación sugiere que se debe tener cuidado con los pescados mencionados, el pargo, ciertos atunes, la caballa, la lubina, el mero, etc., limitando su consumo a unas tres veces al mes.