Según la definición estándar de la Organización Mundial de la Salud, los probióticos son "microorganismos vivos, que cuando son suministrados en cantidades adecuadas, promueven beneficios en la salud del organismo hospedador". Estos beneficios se traducen en mantener el equilibrio de la microbiota intestinal y, por lo tanto, propiciar una buena salud digestiva y en potenciar la respuesta del sistema inmune para mejorar cierto tipo de enfermedades, el beneficio de los probióticos está en función del género, la cepa y la especie de cada microorganismo.

Es muy común creer que todos los probióticos son solamente bacterias de distintos géneros y cepas, sin embargo, la definición también abarca a ciertos tipos de levaduras que pueden resultar benéficas para el organismo, ¿cuál es la diferencia?

Una bacteria es un microorganismo procariota, es decir formadas por una sóla célula sin un núcleo identificado. Las bacerias son los organismos más abundantes del planeta y son fundamentales para cualquier ecosistema. Sus labores son principalmente de descomposición pero también son bioreguladores que mantienen el equilibrio del entorno donde se encuentran. En el caso de los probióticos, su efectividad y el tipo de beneficio que aportan al organismo depende directamente de la especie, el género y la cepa, las más comunes son las cepas de Lactobacillus y Bifidobacterium.

Por otro lado, las levaduras son organismo eucariotas, en su mayoría hongos unicelulares, que realizan labores de fermentación, en el intestino son los responsables de la descomposición de los azúcares o carbohidratos indispensables para obtener energía. La cepa más común que podemos hallar en los alimentos probióticos como el kéfir o la cerveza es la Saccharomyces.